O SIAF mantém em paralelo dois arquivos orçamentários por exercício. O primeiro representa o orçamento do exercício corrente, carregado na abertura do exercício, por integração, a partir do sistema COP, após aprovação da Lei Orçamentária pela Assembléia Legislativa e respectiva publicação no Diário Oficial do Estado. O segundo é formado a partir dos dados armazenados no arquivo de empenhos não pagos, processados ou não, na posição de 31 de dezembro de cada exercício anterior.

O orçamento é publicado com valores assinalados até o nível de projeto ou Atividade, distribuídos pelas 7 contas, que formam o grupo de despesa, também conhecido por espécie de despesa. A carga efetuada no SIAF na abertura do exercício por integração com o sistema COP, assinala os valores até o nível dos QDD’s, isto é, até elemento de despesa, onde são identificados os créditos orçamentários. Entretanto, na execução da despesa orçamentária o SIAF exige a identificação do subelemento da despesa.